Aprovada l’Estratègia catalana de conservació ex-situ

 

 

A la sessió celebrada avui de la Comissió Assessora de Conservació de Flora de Catalunya, s’ha presentat al Director General de Medi Natural i Biodiversitat de la Generalitat de Catalunya, Josep Escorihuela, el document Estratègia catalana de conservació ex situ de la flora vascular silvestre. Aquest document inclou l’anàlisi de la situació de conservació ex situ a Catalunya, identifica els agents i organismes implicats i preveu un termini d’aplicació de quatre anys (2011-2014), amb un pla d’actuació desenvolupat, una planificació pressupostària i una priorització dels tàxons a conservar.

 

 

 

El document aprovat i presentat avui parteix del treball de l’equip redactor inicial coordinat per Joan Font (UdG), que va ser presentat a les II Jornades Catalanes de Conservació de Flora, celebrades el juny de 2010 a Barcelona. Amb posterioritat, la Comissió Assessora ha treballat en diverses sessions tot aportant diverses modificacions al text inicial i ha redactat i adoptat la versió que ha estat lliurada avui, amb presència dels membres de la Comissió a la seu de la DG de Medi Natural i Biodiversitat a Barcelona.

A la mateixa reunió, s’ha aprovat la proposta de celebració de les III Jornades de Conservació de Flora, que tindran lloc a Lleida a mitjans de juny de 2012 i de les quals informarem puntualment des del Portal BioC.

Treballs finals del Màster de Biodiversitat a la UB

Ahir i avui han tingut lloc les lectures dels treballs de fi de màster del Màster de Biodiversitat de la Universitat de Barcelona, on s’han presentat les recerques dels joves investigadors que inicien la seva carrera en el marc d’aquest màster oficial. A continuació indiquem els temes dels treballs i llurs autors (alguns, de membres del BioC, vegeu notícia) que han de representar part del futur de la Biologia de la Conservació de plantes i de la Botànica en general de casa nostra.

  • Naturalesa híbrida de Centaurea genesii-lopezii – Almudena Galian
  • Diversitat genètica i filogeografia de Carduncellus dianius – Sergi Massó
  • Estudios sistemáticos en Linaria sect. Versicolores. La identidad de L. onubensis – Beatriz Vigalondo
  • Estudio filogeográfico de Arenaria balearica (Caryophyllaceae), especie endémica de Mallorca, Córcega y Cerdeña – Jaume Seguí
  • Les plantes endèmiques dels Pirineus – Cristina Rota
  • Las técnicas clásicas y moleculares en la identificación de los hongos filamentosos que colonizan papel. Un estudio comparativo – Carles Benito
  • Distribució d’espècies exòtiques lligades a masses d’aigua a Catalunya – Marta Burgos
  • Estudi de bioluminnescència en fongs – Octavi Domingo
  • Alien invasive species and predation; a case study with Senecio pterophorus – Estíbaliz Palma
  • Estudi de la variabilitat genètica en varietats tradicionals de mongeta – Aurora Rull

Més informació

Màster de Biodiversitat – Web UB

El BioC, present al Màster de Biodiversitat

Ahir a la tarda va tenir lloc una de les sessions de lectura i defensa dels Treballs de fi de Màster, del Màster de Biodiversitat de la Universitat de Barcelona, entre els quals hi va haver la presentació del treball del nostre company Sergi Massó “Diversitat genètica i filogeografia de Carduncellus dianius“, que ha estat dirigit pel també membre del BioC Jordi López-Pujol i per Roser Vilatersana (Institut Botànic de Barcelona), que també han dirigit el d’Almudena Galian, que duia per títol “Naturalesa híbrida de Centaurea ginesi-lopezii“.

Nou assaig de cultiu ex-situ de l’estaquis de mar

Foto: Núria Membrives

Un grup d’individus de l’estaquis de mar (Stachys maritima) han estat transplantats aquesta setmana a la simulació d’una petita duna amb sorra de platja, als vivers de recerca del Jardí Botànic Marimurtra (Blanes), segons que ens informa Núria Membrives. Els treballs d’experimentació del cultiu de S. maritima del JBMM s’inclouen en el marc del projecte Phoenix-2014.

Les experiències prèvies de cultiu ex situ d’aquesta espècie amenaçada i que consta al Catàleg de Flora Amenaçada de Catalunya, havien donat resultats només parcials o amb poques dades de seguiment a llarg termini (al propi JBMM, a la UB o al viver instal·lat pel DMAH a Regencós). Fins ara el cultiu assajat al Marimurtra havia estat sempre en test i les plantes morien un cop feta la primera floració.

En la fotografia adjunta es pot veure el nou intent, a partir de plàntules que provenen, en part de germinacions de llavors en cambra, i una en part de germinacions en viver. S’espera que aquesta experiència ajudi a conèixer millor la propagació d’aquesta espècie i per tant, que pugui aportar informació per a la seva conservació.

Més informació

El Portal BioC, a Twitter

Des d’avui, el Portal de Biologia de la Conservació de Plantes (BioC) incorpora una nova funció, l’enllaç a la xarxa Twitter,  per tal de facilitar el seguiment de les notícies que s’hi publiquen i d’altres informacions d’interès. Simplement fent clic a l’adreça http://twitter.com/PortalBioC, sereu redireccionats a la pàgina Twitter del portal, des d’on podeu connectar directament el vostre ordinador, telèfon mòbil o altres dispositius des d’on vulgueu seguir-nos. D’aquesta manera estareu informats  al moment de les novetats publicades, podreu reenviar el missatge als vostres seguidors i totes les funcions que permet aquesta xarxa social. Seguiu llegint per veure les instruccions.

 

 

INSTRUCCIONS (prèviament, cal tenir un compte a Twitter; si no el teniu, el podeu crear gratuïtament a http://twitter.com)

1. Feu clic a http://twitter.com/PortalBioC

2. Feu clic a + seguir

Igualment, s’ha habilitat un mòdul a la part esquerra superior de cada notícia, des d’on podreu re-enviar directament la notícia a Twitter o a qualsevol altra de les 30 xarxes socials que hi consten.


 


DEMIURGE: nou programari d’anàlisi de genotips

L’equip que coordina el Dr. Juli Caujapé-Castells, del Jardin Botanico Canario “Viera y Clavijo”-Unidad Asociada CSIC, acaba de difondre el nou sistema d’informació sobre diversitat genètica Demiurge i el software multi-plataforma Transformer-4 (T4) , que ja es troben disponibles a http://www.demiurge-project.org.

A part de les aplicacions en investigació, la utilització de Demiurge i T4 aporta clars avantatges com a repositori fiable de dades per a publicacions científiques, com a recurs para educadors d’ensenyament superior, o per a gestors i administracions públiques amb competències en biodiversitat.

A continuació, transcrivim la nota informativa completa sobre el nou programari:

Estimad@s colegas:
El sistema de información sobre diversidad genética Demiurge y el software multi-plataforma Transformer-4 (T4) están ya disponibles con todas sus capacidades activadas en

http://www.demiurge-project.org

Como se apuntó en Julio en una de las ponencias del “Primer  encuentro nacional de conservación genética en plantas” celebrado en Gran Canaria, T4 puede ejecutarse en Windows, Mac o Linux, y admite matrices de genotipos dominantes (AFLPs, ISSRs, cp-microsats, RAPDs, RFLPs, etc…), y codominantes (aloenzimas y microsatélites nucleares) para un número ilimitado de  de alelos por locus, loci, individuos, poblaciones o taxones (individuos diploides, en caso de matrices codominantes).

Cualquier matriz de genotipos (o conjunto de matrices) puede ser transformada rápida y simultáneamente por T4 al formato de entrada de uno o varios de los 38 programas informáticos más ampliamente utilizados en genética de poblaciones, y para cualquier combinación posible de las poblaciones que cada matriz contiene.

Además de sus amplias capacidades de análisis, T4 permite la rápida publicación de “compendios de diversidad genética” sobre cualquier organismo vivo en el sistema de información Demiurge. Estos compendios están formados por una matriz en formato T4 geo-referenciada más cualquier información adicional relevante que los autores consideren apropiado suministrar. Todos los compendios son sometidos a un rápido y sencillo proceso de revisión por especialistas, después del cual pasan a estar disponibles para los usuarios registrados de Demiurge, en caso de ser aceptados.

Aparte de sus aplicaciones en investigación, la utilización de Demiurge y T4 aporta también claras ventajas como repositorio fiable de datos para publicaciones científicas, como recurso para educadores de enseñanza superior (especialmente universidades), o para gestores y administradores públicas con competencias en biodiversidad.

L@s especialistas en diversidad genética y su conservación pueden encontrar en Demiurge una solución óptima para el análisis, almacenamiento y gestión de sus matrices sin riesgo de que se extravíen o corrompan. Además, como todas las matrices de genotipos que contienen los compendios residentes en Demiurge se almacenan en el formato T4, pueden descargarse y utilizarse para cualquier análisis o meta-análisis concebible en el presente, o mediante métodos/software que surjan en el futuro.

La utilización de T4 y la instalación de conversores están exhaustivamente descritas en el manual de usuario que se suministra junto con la aplicación (clicando en “Help contents” bajo la opción “Help” del menú de herramientas).

Previa introducción de sus claves de acceso, l@s usuari@s ya registrad@s en la web del sistema de información Demiurge pueden descargarse gratuitamente T4 y los conversores a los 38 programas de análisis en los links:

http://www.demiurge-project.org/transformer4
http://www.demiurge-project.org/converterstore

L@s que no estéis registrad@s todavía, podéis hacerlo rápidamente llenando al menos los pocos campos obligatorios del link

http://demiurge-project.org/register

Después de pulsar en el enlace que se os enviará por email y aceptar los términos de uso de Demiurge, podréis descargaros gratuitamente estas herramientas. En el inusual caso de que no recibáis el email de verificación inmediatamente después de registraros en vuestro buzón de correo, mirad en vuestro buzón de ‘Spam’ antes de contactarme a través de esta dirección de email.

Se ha iniciado el proceso de constitución de un grupo de interés en el Taxonomic Databases Working Group (http://www.tdwg.org/) para proponer el formato T4 como base del estándar de datos de diversidad genética.

Dos artículos sobre las capacidades del sistema de información Demiurge y el software Transformer-4 se someterán en breve a la revista Bioinformatics.

Para información más detallada sobre todas estas capacidades, podéis visitar

http://demiurge-project.org

Debajo incluyo algunas características de T4 y Demiurge (en inglés)

En nombre de todo el equipo de desarrollo de Demiurge y T4, esperamos que disfrutéis de estas nuevas herramientas bioinformáticas.

Juli Caujapé-Castells


Sumario de características de T4 y Demiurge:

1.    T4 and all its converters are free, and suitable for Mac, PC and Linux operative systems.
2.    The T4 format provides a standard for genotype matrices.
3.    T4 is customizable, as users may choose which software converters to install.
4.    T4 is interactive, as independent programmers may submit new converters that comply with T4’s API through Demiurge’s Converter store.
5.    T4 includes a “Thesaurus wizard” web service for the validation of the taxonomic names in the matrices prior to initiating the publication of a genetic diversity digest.
6.    The publication of digests in Demiurge can only be initiated from the T4 software, with the advantages that:
(i) Demiurge affords a fast, free and easy way to store standardized T4 genotype matrices, and manage or re-analyze them, thereby avoiding the risk of their being lost or corrupted in the users’ computers;
(ii) Demiurge immediately assigns a unique digest code upon submission that does not change after the review process, and may therefore be cited in scientific communications or papers; and
(iii) Demiurge allows all registered users to access other matrices hosted by this information system, which are ready for download and fast meta-analysis through the above-described capabilities of T4.
7.    Demiurge automatically hyperlinks all taxa in the digests with available meta-data about them in GBIF, GenBank, JSTOR, and The Encyclopedia of Life.
8.    Upon digest acceptation, all authors receive an e-certificate of digest authorship and integrity, and the reviewers receive an e-certificate of acknowledgement.
9.    After digest publication, the corresponding authors may use their access data to Demiurge to manage most items in the digests on behalf of all authors (except for the .tfm4 genotype matrix), correct eventual errors, and add or remove optional ancillary information.
10.    Data in published digests can only be downloaded by registered users, who have accepted Demiurge’s terms of use.
11.    All the data and meta-data in Demiurge are safely and permanently stored at the supercomputing facilities of the Instituto Tecnológico de Canarias (Gobierno de Canarias), and are curated by members of this institution. To ensure that the data and metadata stored in Demiurge are secure, all user information is transferred using SSL encryption, and digests are digitally signed to warrant they are preserved on their original state. Backups of all data are kept over multiple locations to prevent data loss.
12.    Except for the publication of Newsletters for registered users and other tasks undertaken by the Demiurge development team or the reviewers, all the steps implemented in the Demiurge workflow are automatic, so that this information system does not require specifically dedicated maintenance.

The present version of T4 and Demiurge is a deliverable resulting from work packages in the project Demiurgo (MAC/1/C20) which were co-funded by the Programa de Cooperación Transnacional Madeira-Açores-Canarias 2007-2013, the Instituto Tecnológico de Canarias (Gobierno de Canarias), and the Jardín Botánico Canario «Viera y Clavijo» – Unidad Asociada CSIC (Cabildo de Gran Canaria).

Nou estudi de flora amenaçada de les illes Salvatges

La fundació Mohamed bin Zayed (Abu Dhabi, Emirats Àrabs), organització filantròpica que atorga fons dedicats a la conservació de la biodiversitat (vegeu més informació al lloc web), ha concedit un ajut de 10.000 USD per a l’estudi de les tres espècies vegetals endèmiques més amenaçades de l’arxipèlag macaronèsic de les Salvatges. L’investigador principal del projecte és el membre del BioC Jordi López-Pujol, i inclou membres tant de l’Institut Botànic de Barcelona com del Jardí Botànic de Madeira.

Aquest conjunt d’illes, sota sobirania portuguesa, conté una flora pràcticament intacta gràcies a la gairebé nul·la presència humana. L’arxipèlag compta amb prop d’una desena d’endemismes exclusius, alguns dels quals amb molts pocs efectius i que són l’objecte del projecte concedit: Euphorbia anachoreta (<50 individus), Asparagus nesiotes subsp. nesiotes (també <50 individus) i Argyranthemum thalassophilum (entre 50 i 250 efectius).

Arxipèlag de les illes Selvagems (Font: Wikipedia, llicència Wikipedia Commons)

El projecte permetrà la realització d’un estudi complet de les tres espècies, que hauria de desembocar en l’implementació de mesures efectives per a la seva conservació, i que consistirà de les següents activitats:

(i) Estudi de la comunitat i de les característiques ecològiques dels ambients on viuen les tres espècies objecte d’estudi.

(ii) Identificació de les amenaces reals i potencials.

(iii) Cartografia al detall de les espècies, que inclourà la georeferenciació de tots els individus, la delimitació del perímetre poblacional i la caracterització demogràfica dels individus en fenofases.

(iv) Estudi genètic emprant marcadors hipervariables (AFLPs) i isoenzims.

L’estudi proporcionarà les dades necessàries per a que el personal del Jardí Botànic de Madeira i del Parc Natural de les Illes Salvatges dugui a terme una recol·lecció de llavors amb base genètica (atès que tots els individus estaran georeferenciats i genotipats) que garantirà la representativitat genètica i per tant que els hipotètics reforçaments/reintroduccions tinguin majors possibilitats d’èxit. Idealment, les dades demogràfiques haurien de constituir la base per a un seguiment demogràfic continuat en el temps, i també es preveu la constitució d’una col·lecció de planta viva amb finalitats científiques i educatives.

Més informació

J. Simon, entrevistat al web UB

Amb motiu de la celebració del curs “Plantes Sagrades”, que va tenir lloc durant el mes de juliol a la UB, el membre del BioC Joan Simon ha estat entrevistat al web de la UB, on destaca la relació de la humanitat amb el món de les plantes sagrades, i del gran bagatge simbòlic, mític i religiós que s’hi associa.

Més informació

Biodiversitat com a inspiració tecnològica

Aquest nou sistema de ventilador patentat als EEUU s’inspira en la funcionalitat del vol descendent i rotatiu del fruit samaroide d’Acer pseudoplatanus (basat en l’equilibri entre pes de la diàspora i longitud de l’ala), aconseguint la mateixa efectivitat en rotació a més baixa velocitat i menor soroll, turbulència i consum energètic. Aquest i d’altres exemples de bio-inspiració són donats com a mostra del valor de la biodiversitat en un article recentment publicat a Conservation Magazine.

Més informació