L’equip que coordina el Dr. Juli Caujapé-Castells, del Jardin Botanico Canario “Viera y Clavijo”-Unidad Asociada CSIC, acaba de difondre el nou sistema d’informació sobre diversitat genètica Demiurge i el software multi-plataforma Transformer-4 (T4) , que ja es troben disponibles a http://www.demiurge-project.org.
A part de les aplicacions en investigació, la utilització de Demiurge i T4 aporta clars avantatges com a repositori fiable de dades per a publicacions científiques, com a recurs para educadors d’ensenyament superior, o per a gestors i administracions públiques amb competències en biodiversitat.
A continuació, transcrivim la nota informativa completa sobre el nou programari:
Estimad@s colegas:
El sistema de información sobre diversidad genética Demiurge y el software multi-plataforma Transformer-4 (T4) están ya disponibles con todas sus capacidades activadas en
http://www.demiurge-project.org
Como se apuntó en Julio en una de las ponencias del “Primer encuentro nacional de conservación genética en plantas” celebrado en Gran Canaria, T4 puede ejecutarse en Windows, Mac o Linux, y admite matrices de genotipos dominantes (AFLPs, ISSRs, cp-microsats, RAPDs, RFLPs, etc…), y codominantes (aloenzimas y microsatélites nucleares) para un número ilimitado de de alelos por locus, loci, individuos, poblaciones o taxones (individuos diploides, en caso de matrices codominantes).
Cualquier matriz de genotipos (o conjunto de matrices) puede ser transformada rápida y simultáneamente por T4 al formato de entrada de uno o varios de los 38 programas informáticos más ampliamente utilizados en genética de poblaciones, y para cualquier combinación posible de las poblaciones que cada matriz contiene.
Además de sus amplias capacidades de análisis, T4 permite la rápida publicación de “compendios de diversidad genética” sobre cualquier organismo vivo en el sistema de información Demiurge. Estos compendios están formados por una matriz en formato T4 geo-referenciada más cualquier información adicional relevante que los autores consideren apropiado suministrar. Todos los compendios son sometidos a un rápido y sencillo proceso de revisión por especialistas, después del cual pasan a estar disponibles para los usuarios registrados de Demiurge, en caso de ser aceptados.
Aparte de sus aplicaciones en investigación, la utilización de Demiurge y T4 aporta también claras ventajas como repositorio fiable de datos para publicaciones científicas, como recurso para educadores de enseñanza superior (especialmente universidades), o para gestores y administradores públicas con competencias en biodiversidad.
L@s especialistas en diversidad genética y su conservación pueden encontrar en Demiurge una solución óptima para el análisis, almacenamiento y gestión de sus matrices sin riesgo de que se extravíen o corrompan. Además, como todas las matrices de genotipos que contienen los compendios residentes en Demiurge se almacenan en el formato T4, pueden descargarse y utilizarse para cualquier análisis o meta-análisis concebible en el presente, o mediante métodos/software que surjan en el futuro.
La utilización de T4 y la instalación de conversores están exhaustivamente descritas en el manual de usuario que se suministra junto con la aplicación (clicando en “Help contents” bajo la opción “Help” del menú de herramientas).
Previa introducción de sus claves de acceso, l@s usuari@s ya registrad@s en la web del sistema de información Demiurge pueden descargarse gratuitamente T4 y los conversores a los 38 programas de análisis en los links:
http://www.demiurge-project.org/transformer4
http://www.demiurge-project.org/converterstore
L@s que no estéis registrad@s todavía, podéis hacerlo rápidamente llenando al menos los pocos campos obligatorios del link
http://demiurge-project.org/register
Después de pulsar en el enlace que se os enviará por email y aceptar los términos de uso de Demiurge, podréis descargaros gratuitamente estas herramientas. En el inusual caso de que no recibáis el email de verificación inmediatamente después de registraros en vuestro buzón de correo, mirad en vuestro buzón de ‘Spam’ antes de contactarme a través de esta dirección de email.
Se ha iniciado el proceso de constitución de un grupo de interés en el Taxonomic Databases Working Group (http://www.tdwg.org/) para proponer el formato T4 como base del estándar de datos de diversidad genética.
Dos artículos sobre las capacidades del sistema de información Demiurge y el software Transformer-4 se someterán en breve a la revista Bioinformatics.
Para información más detallada sobre todas estas capacidades, podéis visitar
http://demiurge-project.org
Debajo incluyo algunas características de T4 y Demiurge (en inglés)
En nombre de todo el equipo de desarrollo de Demiurge y T4, esperamos que disfrutéis de estas nuevas herramientas bioinformáticas.
Juli Caujapé-Castells
Sumario de características de T4 y Demiurge:
1. T4 and all its converters are free, and suitable for Mac, PC and Linux operative systems.
2. The T4 format provides a standard for genotype matrices.
3. T4 is customizable, as users may choose which software converters to install.
4. T4 is interactive, as independent programmers may submit new converters that comply with T4’s API through Demiurge’s Converter store.
5. T4 includes a “Thesaurus wizard” web service for the validation of the taxonomic names in the matrices prior to initiating the publication of a genetic diversity digest.
6. The publication of digests in Demiurge can only be initiated from the T4 software, with the advantages that:
(i) Demiurge affords a fast, free and easy way to store standardized T4 genotype matrices, and manage or re-analyze them, thereby avoiding the risk of their being lost or corrupted in the users’ computers;
(ii) Demiurge immediately assigns a unique digest code upon submission that does not change after the review process, and may therefore be cited in scientific communications or papers; and
(iii) Demiurge allows all registered users to access other matrices hosted by this information system, which are ready for download and fast meta-analysis through the above-described capabilities of T4.
7. Demiurge automatically hyperlinks all taxa in the digests with available meta-data about them in GBIF, GenBank, JSTOR, and The Encyclopedia of Life.
8. Upon digest acceptation, all authors receive an e-certificate of digest authorship and integrity, and the reviewers receive an e-certificate of acknowledgement.
9. After digest publication, the corresponding authors may use their access data to Demiurge to manage most items in the digests on behalf of all authors (except for the .tfm4 genotype matrix), correct eventual errors, and add or remove optional ancillary information.
10. Data in published digests can only be downloaded by registered users, who have accepted Demiurge’s terms of use.
11. All the data and meta-data in Demiurge are safely and permanently stored at the supercomputing facilities of the Instituto Tecnológico de Canarias (Gobierno de Canarias), and are curated by members of this institution. To ensure that the data and metadata stored in Demiurge are secure, all user information is transferred using SSL encryption, and digests are digitally signed to warrant they are preserved on their original state. Backups of all data are kept over multiple locations to prevent data loss.
12. Except for the publication of Newsletters for registered users and other tasks undertaken by the Demiurge development team or the reviewers, all the steps implemented in the Demiurge workflow are automatic, so that this information system does not require specifically dedicated maintenance.
The present version of T4 and Demiurge is a deliverable resulting from work packages in the project Demiurgo (MAC/1/C20) which were co-funded by the Programa de Cooperación Transnacional Madeira-Açores-Canarias 2007-2013, the Instituto Tecnológico de Canarias (Gobierno de Canarias), and the Jardín Botánico Canario «Viera y Clavijo» – Unidad Asociada CSIC (Cabildo de Gran Canaria).
En el marc del Vè Congrés de Biologia de la Conservació de Plantes que va tenir lloc la setmana passada a Menorca (vegeu 
